《魔法少女奈叶》第 2 季于 2005-10-02 首播。
平凡的小学3年级女生（自称）奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺，从而掌握了魔法的力量。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中，结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们，并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。<br /><br /> 战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……
《魔法少女奈叶》第 3 季于 2007-04-02 首播。
故事发生时间为前作《魔法少女奈叶A's》10年后，也就是暗之书事件后的十年之后，在航空机场陷入火海之际，少女时代的昴·中岛被时空管理局的魔导师所救。4年后，这位少女已成为了管理局的陆战魔导师，并崇拜着自己的救命恩人，那就是时空管理局武装队·航空战技教导队所属战技教导官，航空魔导师中的超S级王牌人物——高町奈叶一等空尉。<br /><br />而高町奈叶的好友八神疾风二佐成立了特殊机动性部队——机动六科，主要任务为太古遗产相关事件的处理等工作。部队长为八神疾风二佐。内部设置了两个先锋小队：星辰小队、雷光小队，小队长分别为高町奈叶和菲特。高町奈叶同时又任职战技教官。机动六科集合了时空管理局的疾风、菲特、奈叶三大王牌（ACE）于一身，其战力堪称无敌的境界。
《魔法少女奈叶》第 4 季于 2015-04-03 首播。
《魔法少女奈叶ViVid》以奈叶收养的女孩薇薇欧为主人公。故事讲述了“JS事件”之后，曾经的空中王牌奈叶收起羽翼暂作休息，而刚进入魔法学校初等科的薇薇欧在掌握了魔法基本知识后，收到了奈叶和菲特赠送的专用法器“神圣之心”；而另一边，自称为“霸王”的神秘人物英格威特，正准备掀起一股新的波澜……
