《骇客时空》第 2 季于 2003-01-09 首播。
4年前的“黄昏”事件告一段落之后，THE WORLD再次出现了神秘事件，而发生的一切，都与4年前的相似。受到玲奈的推动下，秀悟连说明书都没看就直接进入了THE WORLD。在对网络游戏发展惊讶之余，シューゴ遇到了各种各样的角色……
《骇客时空》第 3 季于 2006-04-06 首播。
20世纪未至2004年，互联网在全世界迅速地普及，并产生了“信息民主化”。受到这个负面的影响，在网络上的高新技术罪案增加。在这个时候，爆发了一种称为“Deadly Flash”（※）的电脑病毒，发生令7人死亡的惨剧。制作电脑病毒的日本男性制作者成为史上第一位因网络罪行被判处死刑的人……
